Al presionar el botón Aplicar cambia la imputación siempre al comprobante por el más viejo y añade nuevos si el monto es mayor. Para evitar esto lo haremos de la siguiente forma:
En este ejemplo seleccionamos un comprobante que no es el más viejo.
En la celda Imputación lo cambiamos a $400, la mitad, presionamos Enter y luego le damos a Aceptar.
Cuando seleccione los fondos le quedará esos $400 para pagar, como en la última imagen